Антифлуд отслеживает количество сообщений участника за заданный промежуток времени. Порог настраивается отдельно для сообщества.
Не устанавливайте слишком жёсткие значения для активных чатов: серия нормальных коротких сообщений может выглядеть как флуд. Начните с умеренного ограничения и скорректируйте его по журналу модерации.